L'Institut des Afriques s'organise autour de trois grandes missions :
Impulser et soutenir les activités en rapport avec les Afriques sur le territoire : évènements, conférences, journées d'étude, expositions, bibliothèques, manifestations artistiques, etc.
Favoriser la collaboration entre les acteurs : entrelacer les dynamiques de travail universitaire, culturel, associatif, artistique, etc., pour proposer une démarche innovante en matière de politique publique territoriale tournée vers les Afriques
Faire rayonner au niveau national et international la spécificité des liens avec les Afriques, dans une approche renouvelée et actualisée